| Krajská správa SNB České Budějovice - vnitřní odbor | J 1-1 | 1955-1980 | Prozatímní inventární soupis k archivnímu fondu J 1 | Oddělení archivních fondů MV ČSR, StB a vojsk MV (3. oddělení) | zpracované materiály: 109 bm; nezpracované materiály: 134 bm |
| Krajská správa SNB České Budějovice - operační středisko | J 1-2 | 1953-1980 |
| Krajská správa SNB České Budějovice - inspekce náčelníka | J 1-3 | 1964-1980 |
| Krajská správa SNB České Budějovice - kádrový odbor | J 1-4 | 1951-1980 |
| Krajská správa SNB České Budějovice - oddělení obrany | J 1-5 | 1979-1981 |
| Krajská správa SNB České Budějovice - hospodářský odbor | J 1-6 | 1952-1980 |
| Krajská správa SNB České Budějovice - spojovací odbor | J 1-7 | 1954-1981 |
| Krajská správa SNB České Budějovice - zdravotní ústav | J 1-8 | 1952-1980 |
| Krajská správa SNB České Budějovice - krajské středisko automatizace | J 1-9 | 1973-1981 |
| Krajská správa SNB České Budějovice - politicko-výchovné oddělení | J 1-10 | 1974-1983 |
| Krajská správa SNB - správa VB České Budějovice - vnitřní oddělení | J 2-1 | 1952-1981 | Prozatímní inventární soupis k archivnímu fondu J 2 |
| Krajská správa SNB správa VB České Budějovice - oddělení statistiky a evidence | J 2-2 | 1953-1957 |
| Krajská správa SNB správa VB České Budějovice - odbor všeobecné kriminality | J 2-3 | 1960-1977 |
| Krajská správa SNB správa VB České Budějovice - odbor hospodářské kriminality | J 2-4 | 1957-1971 |
| Krajská správa SNB správa VB České Budějovice - oddělení kriminalistické techniky | J 2-5 | 1953-1960 |
| Krajská správa SNB správa VB České Budějovice - zvláštní odbor | J 2-6 | 1971-1974 |
| Krajská správa SNB správa VB České Budějovice - oddělení dopravní služby | J 2-7 | 1953-1964 |
| Krajská správa SNB správa VB České Budějovice - oddělení správní služby | J 2-8 | 1952-1960 |
| Krajská správa SNB správa VB České Budějovice - odbor pátrací a povolovací | J 2-9 | 1953-1963 |
| Krajská správa SNB správa VB České Budějovice - odbor vyšetřování VB | J 2-10 | 1957-1981 |
| Krajské velitelství národní bezpečnosti České Budějovice - kriminální úřadovna | J 2/1 | 1946-1953 |
| Okresní správa SNB a podřízené útvary České Budějovice | J 3 | 1849-1980 | Prozatímní inventární soupis k archivnímu fondu J 3 |
| Oblastní velitelství SNB České Budějovice | J 3/1 | 1947-1949 |
| Městský odbor VB České Budějovice | J 3/2 | 1957-1958 |
| Eskortní stanice SNB České Budějovice | J 3/3 | 1946-1948 |
| Silniční kontrolní stanice SNB České Budějovice | J 3/4 | 1946-1950 |
| Motorizovaná a dopravní stanice SNB České Budějovice | J 3/5 | 1946-1948 |
| Místní velitelství SNB - stanice 1 České Budějovice | J 3/6 | 1945-1946 |
| Okresní oddělení MV - oddělení VB Trhové Sviny | J 3/7 | 1949-1960 |
| Městské oddělení VB Trhové Sviny | J 3/8 | 1961-1964 |
| Okresní oddělení MV - oddělení VB Týn nad Vltavou | J 3/9 | 1945-1960 |
| Městské oddělení VB Týn nad Vltavou | J 3/10 | 1960-1965 |
| Okresní správa SNB a podřízené útvary Český Krumlov | J 4 | 1849-1982 | Prozatímní inventární soupis k archivnímu fondu J 4 |
| Okresní oddělení MV - oddělení VB Kaplice | J 4/1 | 1945-1960 |
| Okresní správa SNB a podřízené útvary Jindřichův Hradec | J 5 | 1849-1985 | Prozatímní inventární soupis k archivnímu fondu J 5 |
| Okresní oddělení MV - oddělení VB Dačice | J 5/1 | 1945-1960 |
| Městské oddělení VB Dačice | J 5/2 | 1960-1964 |
| Okresní oddělení MV - oddělení VB Třeboň | J 5/3 | 1918-1960 |
| Městské oddělení VB Třeboň | J 5/4 | 1960-1963 |
| Okresní správa SNB a podřízené útvary Pelhřimov | J 6 | 1849-1982 | Prozatímní inventární soupis k archivnímu fondu J 6 |
| Okresní oddělení MV - oddělení VB Humpolec | J 6/1 | 1948-1960 |
| Okresní oddělení MV - oddělení VB Kamenice nad Lipou | J 6/2 | 1918-1960 |
| Okresní oddělení MV - oddělení VB Pacov | J 6/3 | 1956-1960 |
| Okresní správa SNB a podřízené útvary Písek | J 7 | 1849-1981 | Prozatímní inventární soupis k archivnímu fondu J 7 |
| Okresní oddělení MV - oddělení VB Milevsko | J 7/1 | 1918-1960 |
| Městské oddělení VB Milevsko | J 7/2 | 1960-1964 |
| Silniční kontrolní stanice SNB Písek | J 7/3 | 1946-1948 |
| Okresní správa SNB a podřízené útvary Prachatice | J 8 | 1849-1983 | Prozatímní inventární soupis k archivnímu fondu J 8 |
| Okresní oddělení MV - oddělení VB Vimperk | J 8/1 | 1945-1960 |
| Městské oddělení VB Vimperk | J 8/2 | 1960-1964 |
| Okresní správa SNB a podřízené útvary Strakonice | J 9 | 1850-1983 | Prozatímní inventární soupis k archivnímu fondu J 9 |
| Okresní oddělení MV - oddělení VB Blatná | J 9/1 | 1944-1960 |
| Okresní oddělení MV - oddělení VB Vodňany | J 9/2 | 1949-1960 |
| Městské oddělení VB Vodňany | J 9/3 | 1960-1964 |
| Okresní správa SNB a podřízené útvary Tábor | J 10 | 1904-1980 | Prozatímní inventární soupis k archivnímu fondu J 10 |
| Okresní oddělení MV - oddělení VB Soběslav | J 10/1 | 1953-1960 |
| Oblastní velitelství SNB Tábor | J 10/2 | 1945-1948 |
| Oblastní kriminální úřadovna Tábor | J 10/3 | 1943-1949 |
| Silniční kontrolní stanice Tábor | J 10/4 | 1946-1949 |